Nació en Lyon, Francia en 1829. Estudió Bellas Artes en la École des Meaux Arts de Lyon, bajo la tutela del pintor Hyppolite Flandin. Hacia 1854 viajó a México, donde aprendió de Jules Amiel la técnica fotográfica. Entre 1864 y 1869 fue el fotógrafo de la corte del emperador Maximiliano. Durante esos años retrató el paisaje mexicano y varias localidades, principalmente del Altiplano Central, así como eventos políticos, fiestas y los tipos populares tan en boga en la centuria decimonónica.

Gracias a sus imágenes en medio tono es posible reconstruir espacios, personajes y costumbres de la sociedad del Segundo Imperio. Sobre este autor se ha escrito poco, pero destacan los textos que sobre él ha publicado la revista Alquimia (François Aubert en México, núm. 21); los libros Mexico from Empire to Revolution, La fotografía durante el imperio de Maximiliano y Contrapunto: François Aubert y compañía, reporteros imperiales (en Olivier Debroise, Fuga mexicana. Un recorrido por la fotografía en México). Murió en Condrieu, Ródano, Francia en 1906.